Leerlingen lopen uiteen in capaciteiten maar vooral ook in vaardigheden. Daarom zijn er aparte brugklassen voor mavo/havo, havo/vwo en een brug+klas voor vwo. Het Bonhoeffercollege geeft onderwijs op maat.
Voor het jaar 2011-2012 zijn er twee brug+klassen gevormd. Deze klassen verschillen van de havo/vwo-brugklas doordat er door sneller en compacter te werken, tijd wordt bespaard. De tijd die overblijft wordt ingevuld met projectmatig en vakoverstijgend onderwijs.
In de onderbouw geven we naast de klassikale lessen veel aandacht aan verbreding en verrijking van het repertoire aan leermogelijkheden voor leerlingen en docenten. Dat gebeurt door voortdurend oog te hebben voor doorlopende leerlijnen van onder- naar bovenbouw, de sa- menhang van vaardigheden voor de eerste drie klassen en de samenwerking tussen vakgroepen Dit laatste in de vorm van projecten, verspreid over de verschillende leerjaren en afdelingen. Het doel is de leerlingen maatwerk te bieden dat waar mogelijk is toegespitst op de individuele kwaliteiten en leerbehoeften.