Met de term Tweede fase worden de leerjaren 4 en 5 havo en 4, 5 en 6 vwo aangeduid. De Tweede Fase sluit aan op de basisvorming en bereidt leerlingen voor op het hoger beroepsonderwijs (hbo) en het wetenschappelijk onderwijs (wo). Leerlingen wordt geleerd zelf initiatieven te nemen binnen het kader van het zogenaamde studiehuis. Daarvoor geldt ons uitgangspunt: zelfstandigheid voor wie het aankan, begeleiding voor wie hulp nodig heeft.
Diplomering geschiedt in minimaal één van vier profielen. De profielen zijn:
• Cultuur & Maatschappij
• Economie & Maatschappij
• Natuur & Gezondheid
• Natuur & Techniek.
Het Bonhoeffercollege biedt deze profielen zodanig aan, dat leerlingen gestimuleerd worden profielen te combineren, wat voordelen biedt bij de latere studie- en beroepskeuze.